1913年，驻华英美烟公司在山东坊子试种薰烟叶（后称烤烟）成功，于是种植逐渐推广。到1916年，安徽的凤阳、怀远、桐城、定远，山东的潍县、安丘、昌邑、益都、寿光以及河南的许昌、安阳、禹县、新郑、襄城等县，都成为薰烟叶的主要产区。同时薰烟叶税也成为皖、鲁、豫三省及其他产烟区主要税源之一。

　　北洋政府实行烟酒公卖制度后，安徽省于1915年定公卖费率为25%，后来因为烟商请求降低税率，同年12月，经北洋政府财政部核准，将公卖费率减为20%，确定每50公斤薰烟叶估价为8元，征收公卖费1.6元。对尚须交纳的生产税、常关税、铁路货捐等，由省烟酒事务局与英美烟公司协商征收。随着安徽凤阳、桐城一带薰烟叶产量的逐年增加，1926年，安徽省门台子、蚌埠两地设局专征薰烟叶税，薰烟叶估价改为每50公斤20元。按20%的公卖费率计算，加上薰烟叶应缴纳的生产税、常关税、铁路货捐以及包括运出安徽途经江苏所需缴纳的税费在内，皖产薰烟叶运抵上海，每50公斤缴纳的税费达8元左右，而从美国进口的烟叶运到上海，只需缴关税4元。于是英美烟公司以在中国采购烟叶税负过重为由，停止收购，造成安徽薰烟叶大量积压。1927年年初，安徽凤阳县商会上书国民政府，呼吁减轻税费。国民政府财政部令安徽省烟酒事务局查明滞销原因并提出解决办法。于是，安徽省烟酒事务局拟订薰烟叶统税单行规则，要求豁免薰烟叶的公卖费、生产税、常关税、铁路货捐等，于1929年7月经国民政府财政部批准。
　　
　　山东省于1915年定公卖费率为10%，后按北洋政府财政部的要求增到12.5%。山东省出产的薰烟叶，除缴纳公卖费外，还须缴纳原有的烟酒税厘。随着薰烟叶产销量的增加，1917年，山东省烟酒事务局在薰烟叶的产区设专卡，实行税费并征，由于成效不显著，于1918年改为按烤烟炉座征收。炉分三等，大炉年征12元，中炉年征10元，小炉年征8元。后又不分大小，并将税率提高，每年纳税费18元。1929年8月，山东省烟酒事务局拟按照安徽省的办法，每50公斤征税3.6元，免除其他税厘、货捐，报国民政府财政部批准。1930年10月25日，国民政府财政部颁布《征收山东省薰烟统税暂行简章》，从此山东薰烟叶税脱离烟酒税费，由国民政府财政部直接派员征收。
　　
　　河南省也于1915年实行了烟酒公卖制度，公卖费率为20%。为促进地方经济发展，河南省地方政府未按规定税率征税，而是每50公斤由收购公司认缴公卖费4元。此外，收购者还须缴纳河南省规定的烟酒税、烟酒厘金、烟叶加价、火车烟酒捐等地方税捐。后来，河南颁发印花税，每年向英美烟公司征收烟叶税，按收购价格征收4%～5%，所收税款，四成归许昌地方，六成归河南省烟酒事务局，并规定在河南境内免缴厘金和一切捐税。
　　
　　1931年3月，安徽、山东、河南三省合并设立薰烟叶税局，每50公斤薰烟叶征税4.15元，破碎烟叶减半，列为专项税收。为统一豫鲁皖三省薰烟叶的税率，1931年3月，国民政府财政部公布《豫鲁皖薰烟税暂行章程》，规定三省薰烟叶每50公斤纳税4.5元。至此，薰烟叶税征收与国民政府财政部所创办的统税征收原则基本一致。1932年8月，国民政府财政部将薰烟叶划归统税征收范围，由各省统税机关接办，并负责征管。
   
　　1943年以后，国民政府推行战时烟类专卖制度，薰烟叶被列为专卖物品，熏烟叶税按照收购价格征收。抗日战争时期，薰烟叶的主要产区相继沦陷，四川的资阳、简阳，贵州的贵定，云南的玉溪、曲靖、富民等国统区成为著名的产烟区，也成为抗日战争时期国民政府薰烟叶税的重要税源。1945年1月，国民政府下令调整税率，将烟类专卖改为统税，薰烟叶税率暂按征收专卖利益的比例征收，划为甲、乙、丙三级，按市场销售的批发价分期核定税价税额。同年11月19日，国民政府公布修正的货物税条例，规定薰烟叶征收货物税仍维持原税率。