16世纪末，当烟草最初出现在东北亚海城时，明朝已经控制了整个辽河流域下游和辽东半岛，将这片领土作为山东省的一部分进行管理。然而，这种局面很快就被改变了。1618年，明朝与来自建州附近地区的女真各部首领努尔哈赤之间持续已久的紧张局势，演化成公开的战争。到1621年，努尔哈赤吞并了辽东大部分地区，他的军队控制了包括沈阳在内的辽东所有大城镇。努尔哈赤的第八子皇太极在1626年他父亲死后成为可汗，十年后宣布自己是新王朝——清朝的皇帝，并将他的女真臣民重新命名为“满洲”。经过皇太极的军队数年的军事骚扰和连续的边境袭击，明朝北部防线最终在1644年完全崩溃，清军长驱直入攻占北京并征服了全中国。在此期间，烟草在清初政权控制的区域获得了一席之地。

　　与在中国东南部一样，烟草作为一种来自东亚海域的商品，最初也取道日本和朝鲜，或者从山东或辽东的明朝辖区进人东北。烟草一度没有引起清政府的关注，所以无从知晓它最早传人的时间。到1625年前后，烟草可能已经开始流通。日本人可能在16世纪70年代就已经知道烟草。朝鲜人大约在1616年或1617年认识烟草，可能是由于烟草从日本对马岛进口到釜山港。朝鲜人从17世纪20年代初开始种植和销售烟草。因为烟草的药用性质据说可以与人参相媲美，所以烟草立即在朝鲜广受欢迎。也许由于同样的原因，朝鲜人不久后就在辽东人（包括汉人和女真人）中为烟草找到了一个现成的市场。

　　早在努尔哈赤与明朝的关系逐渐恶化、最终于1621年吞并辽东之前，中国商人可能就在东北边境市场上交易烟草。女真人拥有东北的自然资源，包括貂皮、珍珠和野生人参，所有这些都是他们的朝鲜和中国贸易伙伴非常想要得到的。1618年，努尔哈赤占领了规模最大和最为重要的边境市场所在地——抚顺，当时建州女真和汉人之间的合法边境贸易在明朝专门指定的五个地点进行。在这些16世纪末几乎每天都开办的市集上，女真人用北方森林的物产交换食品、纺织品、铁器、耕牛和农具。当努尔哈赤的军队进入抚顺时，来自中国几个不同省份的商人都居住在那里。至少有一些旅居者来自已经有烟草买卖的南方城市，而且这些商人有可能在皇太极接替努尔哈赤成为可汗之前，就已经将烟草样品带往北方边境。

　　清初文人方以智认为烟草最初于明代万历年间出现在漳州和泉州，并逐渐从那里传播到“九边”。他指出，到17世纪30年代，吸烟在长城沿线卫成的士兵中非常普遍，而且用少量烟草就可以轻易买到马匹，因为“边上人寒疾，非此不治”。王逋的记述表明，中国商人在北方边境沿线经营烟草，以及茶叶和纺织品已经有一段时间了。

　　在东北，由于日益增多的敌对行动和随后爆发的全面战争，官方的明朝——女真贸易关系于1618年破裂。然而，在整个17世纪20年代和30年代，中国的武装民船继续与辽东人暗中交易。来自日本和美洲的白银以及中国纺织品、茶叶和牲畜继续被用于交换貂皮和人参，尽管数量大大减少，最终中国烟草也从名义上效忠明朝的要塞走私到东北境内。朝鲜走私者还冒险进入朝鲜湾的未知水域，偷偷穿过明朝边界，将禁运的日本或朝鲜烟草带入满洲领地。与此同时，辽东的农民也开始培植烟草，尽管皇太极从17世纪30年代初起就颁布了严格的禁烟令。虽然任何被抓到吸烟的老百姓都会被严惩，但东北南部的烟草消费量仍在17世纪30年代明显增加。1633年初，一位为满洲人效力的汉族将领杨方兴向皇太极递交了关于东北烟草的请愿书，指出虽然烟叶没有什么好处（而且气味难闻），但“金汉官民”无不吸烟。到1638年，吸烟在沈阳已经非常流行，以致《沈阳状启》的朝鲜作者指出：“有此禁断，而此国市上，则行用不禁。”因为“此乃群情之所在”。

　　因此，清朝开国精英早在入关统治中国以前就迷恋吸烟。不论地位高下，不论男女都是如此。1641年禁令取消之后，甚至一些显赫的皇族成员，如摄政王多尔衮也开始公开吸烟。在四川，根据傅氏宗谱纂修傅义迁的记载，烟草对于满蒙八旗弁兵“尤所必需”，可能是因为他们相信烟草能使他们不受西南瘴气之害。傅氏将他们的田地改种烟草，赶紧将之提供给新来者。

　　正如傅氏族谱所表明的，清军入关后，旗人推动烟草广泛传播到中国其他地区。在1644年以前的数年间，由于晚明实施了与辽东类似的禁烟令，江南官员取缔烟草。因此，松江府的种植量减少了。八旗军队的到来重新激励了当地的烟草业，以致“一时贩者辐辏，种者复广，获利亦倍初价”。渐渐地，烟草业被上流土绅接受，到1670年，吸烟在江南地区非常普遍，甚至在汉族土绅精英中也是如此。

　　清军入驻北京也重振了华北烟草贸易。大运河沿岸山东地区，特别是济宁和兖州的农民，开始重新种植烟草，以供在京城销售。到1647年烟农在究州府无所不在。正如一位方志编纂者观察到的，“至今遍地栽烟，每岁京客来贩收买这不绝，各处因添设烟行”。同样，北京周围郊区的农民在清军入关后增加了烟草的种植。法国耶稣会士李明于1687年来到中国，他描述了就在城墙外种植烟草的情况。然而，这种本地种植的烟草主要用于非精英消费。更富裕的吸烟者喜欢引进的烟草产品，这些烟草不仅来自东北和福建，还来自帝国各地新开辟种烟区，包括中国遥远西部边疆的一些地方。