古巴烟草研究院，全称叫做Instituto de Investigaciones del Tabaco，主要的工作是控制烟农使用的种子，并进行研究用天然的混合和选择方式来提高种子的品质。是哈瓦那雪茄受保护起源名称监管委员会的成员。

很多人认为这个机构是古巴革命后才成立的，其实古巴烟草研究院在古巴革命前就存在了。1931年比那尔德里奥地区爆发了一场烟叶流行病，严重到要毁掉烟草种植园。当时国家哈瓦那烟草宣传和防御委员会将工程师克鲁兹和北美昆虫学家布鲁纳派往那个地方，以调查发生的事情。

专家们裁定，造成这种疾病的根本原因是在这些地区种植了大量的“劣质”烟草品种，这些品种发生病害的几率很大，而且很容易传播病虫害。所以需要一个实体来负责解决这些问题。

在一份由农业工程师罗曼·佩雷斯于1935年撰写的文件中提到“有必要更多地关注我们产品的改进，就像其他国家做的那样，我们只能因为它的质量而强加我们的市场。”由于这些原因，现在是创建一个真正的烟草研究院的时候了。他进一步指出：“当务之急是实现烟草种类的统一，正如农业发达的国家对从我们的田地中取代的所有植物所做的那样，种类繁多。在施肥方面，我们还有很多需要研究，在干燥和发酵方面，我们和早期种植烟草时一样……”

这才有了古巴烟草研究院的成立，这个研究院一开始就是一个实验站，叫做圣胡安和马丁内斯烟草实验站，这个实验站于1937年1月 31 日星期日落成，但奠基日期是1936年5月10日，这是对国家哈瓦那烟草宣传和防御委员会倡议的回应。

古巴烟草研究院的使命是为高效、有效和可持续的烟草生产链的发展创造和提供科学和技术基础。这个研究院成立后，古巴开始了种植变革，以前各个雪茄庄园都是自己种自，研究院成立后开始了统一育种，而且禁止庄园种植容易带来病虫害的品种，例如以前古巴有一个出名的烟叶品种叫做金色的头发，这种烟叶浓郁度很高，可是很容易感染病虫害，后来就在古巴全境被禁止种植了。